유닉스에서 파일 시스템을 체계적으로 정리하는 방법은 여러 가지다. 유닉스 계열 운영체제에서 루트 아래에는 다른 중요한 디렉터리도 많지만, 다음 디렉터리를 가장 많이 사용한다.


/home은 사용자 홈 디렉터리를 포함한다. 예를 들어, 사용자 tuser의 홈 디렉터리는 /home/tuser다.

/etc는 시스템 설정 대다수를 저장한다. 여기에는 시스템 시작 시 실행할 스크립트, 네트워크 설정 등이 포함된다. 이 디렉터리에 있는 파일을 편집하려면 루트 권한이 필요하다.

/bin과 /sbin은 시스템 실행 파일을 저장한다. 이 튜토리얼에서 배우는 명령이 좋은 예다. /sbin은 시스템 명령을 저장한다. shutdown 명령이 좋은 예다. /bin 디렉터리는 사용자 명령을 저장한다.

응용 프로그램은 흔히 /usr에 설치된다. 기본 배포판에 속하지 않는 응용 프로그램은 흔히 /usr/local/에 설치된다.

/var는 로그 파일처럼 지속적으로 갱신되는 파일을 저장한다.

/tmp는 임시 파일을 저장한다. 시스템 내 모든 사용자가 쓰기 권한을 가지며, 어떤 시스템은 오래된 파일을 주기적으로 제거한다.